FK St. Margarethen är en österrikisk fotbollsklubb som grundades 1946. Klubben är baserad i St. Margarethen im Burgenland, Burgenland, och spelar för närvarande i Regionalliga Ost, den tredje nivån i det österrikiska ligasystemet.

St. Margarethens hemmaarena är Sportplatz St. Margarethen, som har en kapacitet på 2 000 åskådare. Klubbens färger är blått och vitt.

St. Margarethen har vunnit ett antal regionala cuper, men har aldrig spelat i den österrikiska Bundesliga. Klubben har dock deltagit i ÖFB-Cupen, den österrikiska cupen, vid ett flertal tillfällen.

Några av de mest kända spelarna som har spelat för St. Margarethen är:

* Ferdinand Feldhofer
* Christian Ilzer